Ich tippe ja auf Sparmaßnahmen wegen der Finanzkrise

Nein im Ernst, mit dem Problem bist du nicht allein. Das Problem haben sowohl User mit NVidia-, als auch mit ATI-Grafikkarten und eine Lösung dafür scheint es auch nicht zu geben. Interessant ist auch, das dieses Problem auch bei Gigabyte Mainboards auftritt.
Du könntest es mal mit einer neuen Bios-Version versuchen (wenn die geflashte nicht bereits die aktuellste Version ist). Möglicherweise tut sich da irgendwas, wobei ich das auch bezweifle, da die Slots an sich elektrisch und mechanisch mit 16x angebunden sind und nur im Falle eines CF tatsächlich in den 8x-Modus gehen, weil der Chipsatz im CF nur 2*8x unterstützt.
Die nächste Möglichkeit wäre auch, dass GPU-Z nicht richtig ausliest. Daher solltest du es auch mal mit Everest versuchen. Tritt da der gleiche Fehler auf, würde ich mich mal an MSI direkt wenden.
PS: Im Übrigen hatte ich auch schon ein P45 Mainboard (nicht von MSI) zum Testen hier, dass bei mir überhaupt nicht starten wollte. Zurück im HQ hat es funktioniert. Allerdings mit anderer Grafikkarte, HDD usw. Würde mich also nicht wundern wenn der Chipsatz einmal mehr Probleme mit der Kompatibilität hat.