Beim Ninja 3 Silent handelt es sich um eine eigens für den leisen Betrieb modifizierte Version des Kühlers. Während bei der Standardversion ein PWM-Lüfter beiliegt, der in einem Drehzahlbereich von 470 bis 1.900 U/min arbeitet, liegt der Silent-Version ein Slip-Stream 120mm (SY1225SL12L) Lüfter bei, welcher mit einer konstanten Drehzahl von 800 U/min rotiert. Hierdurch wird das Betriebsgeräusch des gesamten CPU-Kühlers auf 10,70 dBA gesenkt. Der Axiallüfter erzeugt dabei einen Luftstrom von 68 m³/h.
Durch die Änderung des Lüfters konnte auch das Gesamtgewicht des Kühlers auf 1.040 Gramm gesenkt werden. Weiterhin verfügt der Ninja 3 Silent CPU-Kühler ebenfalls über insgesamt acht Kupfer-Heatpipes, die mit der vernickelten Kupfer-Bodenplatte verlötet sind. Zu den kompatiblen Sockeln zählen Intel Sockel LGA775, LGA1155, LGA1156, LGA1366 sowie AMD® Sockel 754, 939, AM2, AM2+, AM3, 940, AM3+ und FM1. Um eine sichere Montage des CPU-Kühlers zu ermöglichen, kommt auch bei der Silent Version die Scythe Flip Mount Super Backplate 2 (F.M.S.B.2) zum Einsatz.
Die Scythe Ninja 3 Silent Version (SCNJ-3000-SV) ist ab dem 2. September für eine Unverbindliche Preisempfehlung von 44,95 Euro erhältlich. Im Technic3D Preisvergleich ist die Silent Version des Ninja 3 Kühlers bisher nicht gelistet.
