Bei Konfigurationsoberfläche setzt FUNC auf einen anwenderfreundlichen Tab-Aufbau in dem die verschiedenen Funktionen übersichtlich kategorisiert sind. Unter dem Unterpunkt „Basic-Settings“ sind alle grundlegenden Mausfunktionen untergebracht. Neben der Abtastrate lässt sich hier auch die Polling-Rate, die Cursorempfindlichkeit, die Lift-of-Distanz und weitere grundlegende Einstellungen konfigurieren sowie Extras wie „Angle snapping“ oder „Pointer acceleration“ aktivieren.
Im „Button Assignment“ können die Maus- und Zusatz-Tasten in ihrer Belegung verändert können. Neben Standardfunktionen kann jede der Tasten auch mit einem Hotkey oder Makro belegt werden. In den „Color Settings“ kann die Beleuchtung des Mausrads sowie der „Instant Aim Taste“ verändert oder deaktiviert werden. Dazu steht ein Farbslider zur Verfügung mit dem verschiedenste Farbnuancen aus dem RGB-Spektrum ausgewählt werden können. Neben der Farbe bietet FUNC auch die Möglichkeit die Sättigung und Helligkeit zu verändern. Wie jede vernünftige Gamer-Maus bietet natürlich auch die MS-3 einen „Macro-Editor“ mit dem eigene Tastenfolgen aufgenommen und automatisiert ausgeführt werden können.
