Das Erscheinungsbild des Cooler Master MasterBox 5 ist recht zurückhaltend und geradlinig. Das gesamte Gehäuse ist schwarz und hat eine kantige Formsprache. Auf Kontraste oder auffällige Applikationen wird konsequent verzichtet. Die Front verläuft nach vorne hin rechteckig zu und mündet in eine große Mesh-Fläche. Die restlichen Seiten sind ebenmäßig. Während das linke Seitenteil ein großes Sichtfenster besitzt, sind der Deckel und die rechte Seiten komplett verschlossen. Zusätzlich wird das MasterBox 5-Gehäuse in einer weißen Variante angeboten, die auffälliger daherkommt.
Das Front-I/O-Panel befindet sich in einer abgeschrägten Fläche an der Oberseite der Frontblende. Hier wird sich auf altbewährtes konzentriert: 2 x USB 3.0, Audioanschlüsse sowie der Power- und der Reset-Knopf.
Beide Seitenteile lassen sich dank der Fixierung mittels Rändelschrauben schnell und einfach abnehmen. Der Innenraum ist analog zum Exterieur durchweg schwarz und besitzt ein modernes Layout. Die Laufwerkskäfige hinter der Front sind bis auf einen kleinen Käfig auf dem Boden verschwunden. Am Tray rechts vom Mainboard lassen sich stattdessen Laufwerke oder ein Ausgleichsbehälter montieren. Um eine sauberen Innenraum zu ermöglichen, versteckt Cooler Master das Netzteil hinter einer Sichtblende.
Von Haus aus lassen sich im MasterBox 5 lediglich drei Laufwerke einbauen. Der kleine, herausnehmbare Käfig hinter der Front kann zwei 2,5- / 3,5-Laufwerke auf Schlitten aufnehmen. 3,5-Zöller werkzeuglos, 2,5-Zöller per Verschraubung. Zusätzlich bietet das MasterBox 5 eine herausnehmbare Halterung für ein 2,5-Zoll-Laufwerk. Die Halterung kann an fünf unterschiedlichen Stellen befestigt werden – beispielsweise auf der Rückseite des Trays oder auf dem Festplattenkäfig. Nachträglich können über Cooler Master zusätzliche 2,5-Zoll-Halterungen nachgekauft werden um die Storage-Optionen zu erhöhen.
Das Kühlsystem ist simpel aufgebaut und schnell erklärt. Das Gehäuse wird mit zwei vorinstallierten 120-Millimeter-Lüftern ausgeliefert. Einer davon sitzt ansaugend hinter der Front, der andere herausblasend am Heck. Hinter der Front ist Platz für einen weiteren 120-Millimeter-Lüftern. Zusätzlich besteht die Möglichkeit hinter der Front auf Lüfter im 140-Millimeter-Format zu wechseln oder einen 240- / 280-Millimeter-Radiator einzubauen. Mit einer optional über Cooler Master zu beziehenden Blende, kann sogar ein 360-Millimeter-Radiator genutzt werden. Um das System vor Staub zu schützen, hat Cooler Master dem MasterBox 5 gut zugängliche Staubfilter vor den Frontlüftern und dem Netzteil spendiert. Eine Lüftersteuerung ist dagegen nicht vorhanden.
Wie für einen Midi-Tower üblich, besitzt das Gehäuse sieben Slots für Erweiterungskarten. Die maximale Einbaulänge fällt mit 410 Millimetern üppig aus und wird dank fehlender Käfige hinter der Front realisiert. Befestigt werden die Karten dagegen nur mit herkömmlichen Schrauben. Eine spezielle, mitgelieferte Slotblende namens „StormGuard“ soll dabei helfen, externe Peripheriegeräte vor Diebstahl zu schützen.
Die Einbauposition des Netzteils befindet sich auf dem Gehäuseboden und wird von einer Sichtblende verdeckt. Die soll zu einem sauberen, aufgeräumten Innenraum beitragen. Die Blende ist mit einer Rändelschraube befestigt und kann dementsprechend einfach demontiert werden. Für die Kabelverlegung stehen zahlreiche Öffnungen parat und auch das Platzangebot zwischen Tray und Seitenwand ist mit 25 bis 35 Millimetern äußerst großzügig dimensioniert.