Die Lüftung ist allerdings die große Schwachstelle des Shinobis. Im Lieferumfang ist nur ein Lüfter, der für einen zusätzlichen Luftstrom für die CPU sorgt. Die restlichen Komponenten müssen ohne Hilfe ihre Abwärme abführen. Bei einem für den Büroeinsatz vorgesehenen PC mag das ausreichen, wer aber Wert auf ein langes Leben seiner Komponenten legt oder Gamer-Hardware einsetzt, sollte zumindest seinen Festplatten einen weiteren Lüfter gönnen. Empfehlenswert ist auch, einen oder zwei Lüfter in der Oberseite einzubauen, die warme Luft aus dem Gehäuse saugen.
Will man eine Wasserkühlung einbauen, wird man schnell an die Grenzen der kleinen Bauform stoßen. Zwar wird man vor dem Netzteil Platz für die Pumpe und eventuell sogar den Ausgleichsbehälter finden, es wird aber eine echte Herausforderung werden, einen Radiator angemessener Größe in dem Gehäuse unter zu bringen.
